یکی از این مزایا این است که قهوه از مغز در برابر اختلالات شناختی محافظت می کند و مهارت های تفکر را افزایش می دهد. مصرف قهوه به دلیل کاهش خطر ابتلا به بیماری آلزایمر ، بر بیماری پارکینسون نیز اثر خواهد گذاشت. ترکیبات موجود در قهوه دارای قوی ترین اثر محافظتی در مغز هستند.
کافئین موجود در قهوه سیستم عصبی و فعالیت ذهنی را تحریک می کند و در نتیجه باعث بهبود حافظه بلند مدت می شود . همچنین ترکیبات موجود در قهوه می توانند علائم افسردگی را از بین ببرند و از تخریب نورون ها و همچنین از بیماری پارکینسون محافظت می کنند .